孕晚期胎儿囊肿可能会自行消失，也有可能不会自行消失，需要根据多种因素分析，不可一概而论。

胎儿囊肿是胎儿在发育期间，纤维组织异常增加，导致血管发生瘤样改变形成囊肿。胎儿囊肿按照发病部位的不同，一般分为脑部囊肿、肾脏囊肿、腹腔内囊肿、会咽囊肿等等。胎儿囊肿大部分属于良性病变，存在自行消失的可能性。

胎儿囊肿是否会自行消失，与囊肿的大小、囊肿发生的部位、羊水的多少、孕期的护理条件等有很大关系。比如直径小于1厘米的胎儿室管膜下囊肿，多数在1-2个月消失，较大的囊肿在3-4个月后消失，绝大多数的囊肿在6个月内消失。也有部分胎儿囊肿由于各种可能的原因持续存在，一直持续到分娩。

如果发现胎儿囊肿之后，首先应进行染色体检查，比如通过羊水穿刺手段筛查胎儿是否有染色体异常，同时采用四维彩超、胎儿心脏彩超等手段筛查其它身体器官畸形表现。如果经检查未发现胎儿染色体异常，且囊肿体积较小，可以做保胎治疗。比如改善生活环境，增加营养物质，遵医嘱服用保胎药物，定期参加产检等等，待胎儿出生后再根据囊肿表现进行治疗。如果经染色体检查确诊为染色体异常，或者经四维彩超检查同时发现其它器官畸形症状，继续妊娠对胎儿今后成长不利，一般建议在医生指导下终止妊娠。