检疫合格证的补办流程需根据具体情况和机构要求进行，以下是综合整理的步骤和注意事项：

一、补办情形

1. 国外客户临时要求补充证单

   若在检验检疫完成后国外客户提出补充要求，需填写《更改申请单》，附上国外客户的函电、合同或信用证等证明材料。

2. 原证书缺失或内容不足

   因交接、索赔、结汇等需要，或原证书未包含必要信息时，可申请补充内容。需提供与原证书相关的证明材料。

二、补办流程

1. 填写补发申请

   填写《更改申请单》，明确说明补发原因（如客户要求、原证书缺失等），并附上相关证明材料。

2. 提交申请材料

   将填写完整的申请单及证明材料提交至原检验检疫机构，或当地动物卫生监督所指定的兽医机构。

3. 审核与签发

   检验检疫机构审核材料真实性后，若符合要求，将签发补充证书。补充证书上会注明“本证书是×××证书的补充证书”。

三、注意事项

1. 无法补发的情况

   若检验机构未对相关项目进行检验检疫或货物已出运，则无法补发证单。

2. 证书有效性

   补充证书与原证书同时有效，可叠加使用。

3. 地区性办理

   不同地区可能有具体办理机构差异，例如荆州用户可前往荆州市动植物检疫检测中心办理。

建议办理前电话咨询当地动物卫生监督所或检验检疫机构，确认最新流程及材料要求。