当公司报销发票超出限额时，可以采取以下方式处理：

1. 实际报销金额比发票金额小的情况 ：

• 可以依据实际报销金额直接入账处理，不需要再添加其他详细说明。

2. 实际报销金额比发票金额小较多的情况 ：

• 报销经办人需要根据实际情况做出书面说明，并依次履行报销签批流程。书面说明应作为报销发票的附件，然后按照说明中的金额向公司进行实际报销，相应的票据也应入账。

3. 发票金额大于报销金额的情况 ：

• 根据《企业会计准则》，企业在采购业务中收到的发票，其报销金额可以小于或等于发票上的金额，只要不超过发票金额即可。在费用管理中，报销金额为发票上的金额，但也可以低于此金额，这包括差旅费、餐费等发票。

4. 分开发票的情况 ：

• 如果客户同意，可以将一张大额发票拆分为多张小额发票，只要这些发票的合计金额等于原发票金额即可。这种情况下，企业需要确保留存发票份数大于或等于2份，以便核对和存档。

5. 调整发票限额 ：

• 如果发票已经超限，应定期审核发票使用情况，并联系税务机关及时调整发票限额。如果发票未发出，应停止发票打印；如果发票已发出，应及时申报，以免影响后期开票。

6. 报销流程 ：

• 报销发票时，需要确保发票本身合法有效，包括检查发票是否具有全国统一的发票监制章，以及发票上的信息是否完整、准确。员工需要准备相应的报销申请，包括填写报销单、附上相关的消费明细或说明。报销单必须经过上级领导人员批准，财务人员还需对单据和报销标准进行复核，付款出纳根据审批签字的报销审批单进行付款。

建议 ：

• 在实际操作中，企业应建立完善的发票管理和报销流程，确保发票的合法性和合规性，避免因发票超限而带来的财务风险。

• 定期对发票使用情况进行审核，及时调整发票限额，确保企业的财务活动符合相关法规要求。