只能选择其中一种
农村合作医疗（新农合）与医保（通常指城镇职工基本医疗保险或城乡居民基本医疗保险）之间存在冲突，因为它们都是医疗保险的不同形式，且不能同时享受两种待遇。具体处理方式如下：
- 注销其中一种保险 ：
- 如果一个人同时参加了新农合和医保，需要选择注销其中一种。通常建议注销新农合，因为医保的报销比例和覆盖范围通常更高。
- 选择参加城镇职工基本医疗保险 ：
- 如果选择参加医保，需要先停止新农合的缴费。之后，可以参加城镇职工基本医疗保险。
- 商业医疗保险的补充 ：
- 商业医疗保险与农村合作医疗没有冲突，可以作为医保的补充。医疗费用可以先通过农村合作医疗进行报销，剩余部分用商业医疗保险进行报销，采取补偿原则。
- 注意报销原则 ：
- 无论是新农合还是医保，报销都需要凭发票进行。一旦在某一处进行了报销，到另一处就无法再次报销。
- 咨询当地社会保险经办机构 ：
- 如果有关于农村养老保险与社会保险的冲突问题，可以咨询当地的社会保险经办机构（人社局），了解具体的转移和报销政策。
综上所述，处理农村合作医疗与医保冲突的最佳方式是选择注销其中一种保险，并根据自身情况选择参加城镇职工基本医疗保险或商业医疗保险作为补充。