先天性巨结肠的治疗方法有保守治疗、肠造瘘手术和根治性手术治疗。

对于短段型的巨结肠和新生儿巨结肠，可以先采取保守治疗措施，如扩肛、开塞露、回流洗肠等。

回流洗肠不单是一种保守治疗方式，同时也是一项重要的手术前准备措施。因为坚持洗肠，可以降低肠道梗阻，从而减少孩子肠炎、粪石等并发症；洗肠还可以避免肠管扩张，使更多正常的肠管能得以保留。

如果患儿保守治疗效果不好同时也不适合做根治性手术，可以先行进行肠造瘘手术缓解症状。 

先天性巨结肠的根治性手术，就是切除掉无神经节细胞段及严重扩张段的结肠。手术的方法有很多，目前主要采用经肛门和腹腔镜等微创方式。