城镇医疗保险与农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖人群不同 ：
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城镇医疗保险 ：主要面向具有城镇户籍的城镇非从业人员，包括在城区学校就读的在校学生等，不受户籍限制。
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农村合作医疗 （简称新农合）：面向具有农村户籍的居民，农民以家庭为单位自愿参加。
- 管理部门不同 ：
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城镇医疗保险 ：主要由人社部门管理。
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农村合作医疗 ：多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇的侧重点不同 ：
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城镇医疗保险 ：主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，因此住院及门诊大病待遇通常高于新农合。
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农村合作医疗 ：门诊待遇水平总体上要高于城镇医疗保险，特别是在乡镇医院，其报销比例较高。
- 缴费标准和待遇标准不同 ：
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城镇医疗保险 ：缴费标准（成年居民）略高于新农合，但低于城镇职工医保。基本医疗保险的待遇标准总体上略低于城镇职工医保，但高于新农合。
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农村合作医疗 ：缴费相对便宜，一年缴费金额大概在几百元左右。政府也会给予一定的财政补贴。
- 概念和投保人群不同 ：
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城镇医疗保险 ：针对有正式工作的员工，由职工和公司一起缴纳，具有一定强制性。
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农村合作医疗 ：农民自愿参加，以大病统筹为主，政府组织、引导、支持。
- 保障期限和退休政策不同 ：
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城镇医疗保险 ：参保人员完成缴费年限后可以终身享受医疗保险待遇。
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农村合作医疗 ：交一年保一年，不能转移，但可以续保。
城镇医疗保险与农村合作医疗在覆盖人群、管理部门、保障待遇、缴费标准和待遇标准等方面存在明显差异。城镇医疗保险主要针对城镇非从业人员和在校学生，保障待遇较高；而农村合作医疗主要针对农村居民，缴费较低，保障待遇相对较低，但在门诊方面可能具有相对较高的水平。建议根据自身户籍和需求选择合适的医疗保险制度。
