药店在飞检中不合格的处罚通常包括以下几种：
- 警告和责令改正 ：
- 对于未凭处方销售处方药或甲类非处方药的行为，药品零售企业会被责令限期改正，并给予警告；逾期不改正的，处以1000元以下的罚款。
- 罚款 ：
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药店若存在驻店药师在职却不在岗、未按规定陈列药品、未按要求索取身份证登记制度等违规行为，可能会被处以罚款。
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情节严重的，罚款金额可能达到货值金额的数倍，例如，某药店因生产、销售不合格药品被罚款45万元。
- 没收违法所得和非法财物 ：
- 对于存在违法生产、销售药品的行为，除了罚款外，还可能没收违法所得和非法财物。
- 暂停生产、经营 ：
- 在某些情况下，如广东省的某企业，因不符合规定项目和问题被责令暂停生产、经营，并进行整改，直至通过检查确认后才允许恢复生产。
- 吊销许可证 ：
- 对于严重违反药品管理法规的企业，如百草堂医药股份有限公司，可能面临吊销许可证的处罚。
- 刑事责任 ：
- 如果情节严重，涉嫌犯罪的，药品稽查部门会按照相关规定通报或移送公安机关处理。
药店在飞检中不合格的处罚力度较大，涉及警告、罚款、没收违法所得、暂停经营、吊销许可证甚至刑事责任。因此，药店应严格遵守药品管理的各项规定，确保药品安全、合法经营，以避免严重的法律后果。
