社保断缴后医保卡余额不会清零，但会影响医保待遇。具体说明如下：

一、医保个人账户

1. 余额不清零

医保个人账户的资金（如门诊、药店购药等自付部分）与缴费状态无关，断缴后仍可正常使用。

2. 年度清零规则

部分地区医保个人账户存在年度清零机制，即每年年底前未使用的金额会被清零。但缴费记录会累计，次年重新参保后余额可恢复。

二、医保统筹账户（养老/医疗）

1. 缴费与待遇关联

养老保险统筹账户和医疗保险统筹账户与缴费状态直接相关。断缴后：

• 养老金待遇 ：不会立即清零，但缴费中断超过3个月将停止发放养老金；

• 医疗保险待遇 ：断缴超过3个月将无法享受医保统筹基金支付，但个人账户仍可支付自付部分。

2. 缴费年限影响

连续缴费年限因断缴而中断，但不会清零。重新参保后，缴费年限可累计计算。

三、其他账户

• 金融账户 ：包含失业保险金、生育津贴等，与社保断缴无关，资金不会清零。

四、建议

1. 避免断缴 ：医保断缴可能影响大病医疗等长期待遇，建议通过灵活就业、城乡居民医保等方式保持参保；

2. 补缴方式 ：可通过线上平台或线下社保机构办理补缴，缴费后待遇可恢复。

综上，社保断缴不会导致医保卡内资金清零，但会影响医保统筹待遇的享受，建议谨慎处理缴费问题。