肛瘘的最新治疗方法，是采用瘘管镜进行瘘道的明确疏通、清创，采用生物胶封堵。
临床上绝大多数对于肛瘘的治疗，仍然采用传统的治疗方式，包括单纯低位肛瘘，采用肛瘘切除。高位的和复杂性肛瘘，可以采用肛瘘挂线治疗。
目前最新的生物胶封堵，由于适应症比较有限，手术费用也比较贵。而且与传统的手术方式相比，效果有待于大面积的手术以后观察证实。
所以肛瘘的治疗依然是采用传统的手术方式，包括肛瘘切除或者肛瘘挂线。
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