早上起床嘴巴苦，有口腔感染的因素。口腔卫生不好，牙龈炎、牙周炎导致龈沟、牙周袋中聚集一晚上的炎性液体渗出，会有苦味。牙间隙食物残渣未清理，经过一晚上的发酵，也会产生苦味。维生素缺乏引起的口腔溃疡、舌炎等黏膜病，也会有晨起口苦的感觉。
其他系统的疾病也会产生口苦的感觉，如胃肠道疾病、消化不良、胃内容物发酵产生的气体反流到口腔，早上起床会感觉到口苦。呼吸系统的疾病、肺功能差、晚上睡觉张口呼吸，早上起来就有口苦口干的症状。
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