墨绿色大便病因可为病理或生理性。
如食用过量的含有绿色素多的食物，就会出现大便呈墨绿色，通过饮食调整后就会改善，这种表现多为生理性病因。
也有一些消化道疾病也会出现墨绿色大便的现象，如消化不良、菌群失调、肠道粘膜炎症等等，此类疾病不仅会影响胃肠道正常功能，而且会使胃肠组织出现酸碱失衡，酸性的胃液进入消化道与排泄物汇合后产生反应，也会造成大便呈墨绿色。此类患者一般伴有腹痛、腹泻、食欲不振等症状，此种情况患者需要及时专科医院救治，以明确病因及针对性治疗。
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