肝内胆管结石的严重程度与结石的分布、大小、是否导致了胆道梗阻有密切关系。
体检偶尔发现的肝内胆管结石比较小，没有阻塞胆管，对肝功能没有明确的影响，这时候相对不是很严重，可以定期复查。随着结石的发展，有可能会导致不同程度的胆管阻塞，严重的会出现肝功能异常，甚至继发急性胆管炎、肝囊肿。还有少数患者在远期可能会发生胆管癌，这些都是相对比较严重的情况。
临床上在诊断肝内胆管结石以后，需要结合肝功能以及影像学检查进行综合判断。根据肝内胆管结石的不同程度来选择具体的治疗方案，不严重的可以观察，而严重的则需要进行手术治疗。
