根据最新政策，苏州医保在南京的药店是否可以使用，需根据参保类型和办理流程进行区分：

一、苏州参保人员在南京使用医保卡的情况

1. 门诊购药

   若为职工医保参保人员，且已办理异地就医备案手续，苏州医保卡可在南京的异地联网定点零售药店刷卡购药，仅限个人账户余额支付。

2. 住院医疗费用

   可直接在南京的异地联网定点医疗机构刷卡结算，但需先办理异地就医确认手续。

二、南京参保人员在苏州使用医保卡的情况

1. 门诊购药

   南京医保卡在苏州的异地联网定点零售药店同样支持刷卡购药，流程与苏州本地参保人员一致。

2. 住院医疗费用

   需在苏州办理异地就医备案，持南京医保卡在苏州定点医疗机构就医时，费用可按南京政策报销。

三、注意事项

1. 备案要求

   • 需办理异地就医备案手续，部分地区需领取省标准社会保障卡（如南京）。

   • 备案可通过线上或线下渠道办理，具体流程需咨询参保地社保部门。

2. 限制条件

   • 仅限职工医保参保人员使用个人账户余额支付门诊和药店购药费用。

   • 自费项目、门诊特定项目及住院费用需按参保地政策报销，直接刷卡支付。

3. 其他城市扩展

   目前江苏省内已开通异地刷卡的城市包括南京、苏州、无锡、徐州、连云港等，覆盖范围逐步扩大。

建议办理异地就医备案前，通过参保地社保部门官网或电话确认最新政策，以确保流程顺利。