贫困户在市医院报销主要通过以下步骤进行：

1. 办理转诊手续：贫困户患者在前往市医院就诊前，需先在所在地的乡镇卫生院或县级医院办理转诊手续。这通常需要患者提供相关证明材料，如身份证、低保证等。

2. 住院治疗：在市医院办理住院手续时，患者需出示转诊证明和相关证件，以便医院确认其贫困户身份。在住院期间，医院将按照相关政策为患者提供医疗服务。

3. 费用结算：出院时，患者需在市医院的收费窗口办理费用结算手续。此时，医院将根据患者的贫困户身份和相关政策，计算出患者需要自付的费用金额。

4. 报销申请：患者在支付自付部分费用后，可向当地医保部门或民政部门申请报销。具体报销比例和金额将根据当地政策和患者的具体情况确定。

5. 报销流程：报销申请通常需要提交相关材料，如住院费用清单、诊断证明、身份证明等。医保部门或民政部门将对这些材料进行审核，并根据政策计算出报销金额。

6. 报销支付：审核通过后，报销金额将通过银行转账等方式支付给患者。具体支付方式和时间将根据当地政策和实际情况确定。

总结：贫困户在市医院报销医疗费用需要先办理转诊手续，然后在住院治疗期间由医院按照政策计算自付金额。出院后，患者可向相关部门申请报销，并提交相关材料进行审核。审核通过后，报销金额将支付给患者。具体流程和政策可能因地区而异，建议患者在就诊前咨询当地医保部门或民政部门以获取详细信息。