合同金额与发票金额不一致的合法性需要根据具体情况判断，主要分为以下情形：

一、不一致的合法性情形

1. 合同变更后调整

   若合同双方协商一致对合同金额进行了变更，并且按照《增值税暂行条例》第十七条规定办理了发票变更手续，则发票金额可调整至新合同金额。

2. 分阶段结算

   对于长期项目或分期交易，合同金额与发票金额可按实际完成阶段分别确认，但需在合同中明确约定分阶段开票的时间节点和金额。

3. 税务特殊情形

   涉及税收优惠政策或税务筹划时，经税务机关批准或符合相关法规（如小规模纳税人月销售额10万元以下免征增值税）的调整，但需提供充分依据。

二、不一致的法律风险

1. 偷税漏税风险

   若合同金额高于发票金额，可能被税务机关认定为偷税漏税；若低于发票金额，则可能涉及虚开发票。

2. 虚开发票风险

   无合法依据的金额差异易被认定为虚开发票，导致税务机关处罚及信用受损。

3. 合同效力争议

   金额不一致可能影响合同条款的履行，尤其在诉讼中通常以实际金额为准。

三、处理建议

• 保留沟通记录 ：合同变更需书面协议，发票变更需税务机关审批或双方签字确认。

• 税务合规 ：调整金额时需符合《发票管理办法》，避免因小失大。

• 风险防范 ：大额交易建议咨询税务机关，避免因金额差异引发纠纷。

总结 ：合同金额与发票金额应尽量保持一致，但特殊情况下经合法程序调整是允许的。若存在差异，需结合合同条款、税务规定及双方协商结果综合判断。