当合同付款金额与账单金额不一致时，可按以下步骤处理：

一、核对差异原因

1. 合同条款审查

   检查合同是否明确约定了付款金额、付款方式及调整条款（如政府定价、质量调整等）。若存在增减项、质量不合格等导致金额偏差，需确认是否属于合同履行过程中的正常调整。

2. 交易真实性确认

   核对账单明细，确认是否存在重复付款、漏付或错误记录。例如，出库单、货运单、对账函等文件可作为辅助证据。

二、协商解决

1. 直接沟通

   与对方联系，说明差异原因，尝试达成补充协议或修改合同条款。协商应保留书面记录。

2. 分期调整

   若金额差异较大，可协商分期支付或调整后续付款计划，降低单次支付压力。

三、证据收集与法律途径

1. 违约情形判断

   若差异源于对方违约（如未按时付款、擅自变更合同），需收集证据（如沟通记录、付款凭证、合同条款等）。

2. 选择解决方式

   • 协商无果时 ：可向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，依据《民法典》要求对方承担违约责任。

   • 金额差异较大 ：建议优先仲裁，效率通常高于诉讼；若合同中有仲裁条款，需先提交仲裁。

四、注意事项

• 政府定价调整 ：若涉及政府定价，需以交付时实际价格为准，双方应保留价格调整通知等证据。

• 定金条款 ：若合同包含定金条款，需根据实际交付金额调整定金的效力。

• 时效性 ：收集证据应及时，诉讼或仲裁通常有3年时效限制。

通过以上步骤，可有效处理合同付款与账单不一致的问题，降低法律风险。