根据相关政策和搜索结果，建档立卡户在三甲医院的报销比例需结合医保类型和地区政策综合说明：

一、医疗保险报销比例

1. 起付线后报销比例

   • 起付线800-5000元部分按 85% 报销；

   • 5000-10000元部分按 90% 报销；

   • 10000元以上至最高支付限额部分按 95% 报销。

2. 最高支付限额

   • 超出基本医疗统筹基金最高支付限额的部分，不同地区有差异：

     • 部分地区按 85%-95% 报销；

     • 重庆等地区对贫困群体（含建档立卡户）在三级医院报销比例可达 90%-95% 。

二、其他相关政策

1. 贫困群体专项优惠

   • 建档立卡贫困户在乡镇卫生院住院报销比例提高至 95% （县级医院85%）；

   • 三级医院报销比例提高至 70%-75% （县级医院85%）。

2. 门诊报销

   • 乡村两级医院门诊免一般诊疗费，报销限额从300元提高到315元；

   • 16种慢性病、18种特殊疾病门诊报销80%（重性精神病、中末期肾病90%）。

三、注意事项

• 地区差异 ：具体报销比例可能因地区政策不同存在差异，建议就医前咨询当地医保部门或医院；

• 自费部分 ：起付线、封顶线及超出最高支付限额的部分需自费。

以上信息综合了国家及地方政策，实际报销以参保地最新规定为准。