选择治疗消化不良的医院时，可以参考以下几个因素：

1. 医院的消化内科专业水平：选择在消化内科领域有较高专业水平和丰富经验的医院，这些医院通常有更先进的设备和技术，能够提供更全面的诊断和治疗方案。

2. 医院的口碑和患者评价：了解其他患者对该医院的评价和口碑，可以通过互联网搜索、咨询朋友或家人等方式获取相关信息。

3. 医院的地理位置和交通便利性：选择离家较近或交通便利的医院，以便于就诊和复诊。

4. 医院的医疗费用：了解医院的收费标准和医保政策，选择在自己经济承受范围内的医院。

在吉林省吉林市，以下几家医院在消化内科领域有较好的口碑和专业水平：

1. 吉林大学第一医院：作为吉林省内领先的综合性医院，吉林大学第一医院的消化内科在诊断和治疗消化不良方面有丰富的经验和技术。

2. 吉林市中心医院：作为吉林市的大型综合性医院，吉林市中心医院的消化内科在治疗各种消化系统疾病方面有较高的专业水平。

3. 吉林市人民医院：作为吉林市的重要医疗机构之一，吉林市人民医院的消化内科在治疗消化不良等消化系统疾病方面有较好的口碑。

以上几家医院都是不错的选择，具体选择哪家医院还需根据个人情况和需求来决定。如果有特定的需求或疑问，建议直接联系医院进行咨询。