南通的社保卡在南京是可以使用的，但需注意以下事项：

一、省内异地就医结算

1. 开通省卡功能

   需在南通社保局办理异地就医备案并开通省卡功能，南京的社保卡将支持直接刷卡结算门诊和住院费用。

2. 直接结算条件

   • 南通参保人员持南通社保卡在南京的定点医疗机构就医时，符合医保目录的医疗费用可直接刷卡结算。

二、跨省异地就医结算

1. 目前支持范围

   南通与南京均属于江苏省内城市，医保系统已实现省内异地就医直接结算，但需办理异地就医备案手续。

2. 办理流程

   • 填写《驻外及异地居住参保人员定点医疗机构就医备案表》；

   • 提供本人书面申请及长住异地的证明（如户口簿、暂住证等）。

三、注意事项

1. 门诊药店结算

   目前省内异地就医仅支持住院费用直接结算，零售药店的医疗费用需回参保地报销。

2. 报销流程

   若未办理异地就医手续，医疗费用需由个人垫付，回南通后凭发票、医疗本、社保卡等材料报销。

3. 政策依据

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十六条，医保待遇标准按国家规定执行，与参保地一致。

四、建议

建议参保人员提前通过南通社保局官网或线下渠道办理异地就医备案，确保就医时顺利结算。若需跨省就医，需关注最新政策对跨省直接结算的支持范围。