根据相关法规和通知，医疗机构未缴纳医疗废物处置费的处理方式如下：

一、停止收运处置措施

若医疗机构逾期未缴纳2025年度医疗废物处置费，卫生健康部门将停止对其实体机构产生的医疗废物收运处置工作。医疗机构需在规定期限内补缴费用，恢复收运处置服务。

二、法律依据与处罚标准

1. 《医疗废物管理条例》相关规定

   医疗机构若违反条例（如未建立管理制度、未分类收集等），由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门或环境保护行政主管部门责令限期改正，逾期不改正的，处以2000元以上5000元以下罚款。

2. 具体处罚情形

   医疗废物混放属于违规行为，卫生监督员可责令立即改正，并处以2000元罚款。

三、其他处理措施

1. 分类管理要求

   医疗机构需按《医疗废物管理条例》要求，对医疗废物进行分类收集（如感染性废物用红色容器）、密封包装、正确标识（包含类型、来源、处理日期等信息），并定期清运至专业机构进行无害化处理。

2. 监管与申诉渠道

   医疗机构应主动与卫生健康部门或环保部门沟通，了解缴费及整改要求。对处罚决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

四、建议与注意事项

• 及时缴费 ：避免因逾期产生滞纳金或影响正常医疗废物处置；

• 规范管理 ：通过培训提高工作人员对医疗废物管理的认识，防止因操作不当引发违规；

• 政策咨询 ：对具体处罚细则或缴费标准有疑问时，应及时咨询当地卫生健康部门。

以上措施依据《医疗废物管理条例》及相关通知执行，旨在规范医疗废物管理，保障公众健康与环境保护。