深圳社保一档和二档在多个方面存在显著差异，具体如下：
缴费比例与金额
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养老保险：一档（深户）的单位缴纳比例为16%+地方补充养老保险1%，个人缴纳8%；二档（非深户）单位缴纳16%，个人缴纳8%。若以月工资5000元计算，一档每月养老保险缴费金额为5000×(16%+1%)+5000×8%=1250元（其中单位缴纳750元，个人缴纳500元），二档每月养老保险缴费金额为5000×16%+5000×8%=1000元（其中单位缴纳800元，个人缴纳400元）。
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医疗保险：一档的单位缴费比例为5%，个人缴费比例为2%；二档的单位缴费比例为1.5%，个人缴费比例为0.5%。同样以月工资5000元为例，一档每月医疗保险缴费金额为5000×5%+5000×2%=350元（其中单位缴纳250元，个人缴纳100元），二档每月医疗保险缴费金额为5000×1.5%+5000×0.5%=100元（其中单位缴纳75元，个人缴纳25元）。
医保待遇
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门诊报销：一档有医保个人账户，可用于支付在定点医疗机构门诊就医的费用、购买药品等，还可支付在定点零售药店凭本市市内定点医疗机构医生开具的处方购买医疗保险目录范围内药品的费用。而二档无个人账户。一档参保人在选定社康中心发生的门诊医疗费用，可由社区门诊统筹基金按规定支付一定比例；二档参保人则需在选定社康中心发生的门诊医疗费用按一定规定处理，如属于基本医疗保险药品目录中甲类药品和乙类药品的，分别由社区门诊统筹基金按80%和60%的比例支付等。
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住院报销：一档和二档的住院起付线相同，但一档的住院报销比例在一级及以下医院、二级医院、三级医院分别为95%、90%、85%；二档在一级及以下医院、二级医院、三级医院的住院报销比例分别为95%、80%、75%。且一档退休人员的住院报销比例为95%，二档退休人员的住院报销比例为80%。
深圳社保一档比二档每月多交的费用因工资基数不同而有所差异，但总体而言，一档缴费比例和金额相对较高，享受的医保待遇也更为优厚。
