基本医疗保险与农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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基本医疗保险 ：包括职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险。其中，职工基本医疗保险覆盖城镇所有用人单位职工，城镇居民基本医疗保险则覆盖未参加职工医疗保险的城镇未成年人和无工作的居民。
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农村合作医疗 （新农合）：专门针对农村居民，要求以家庭为单位整户参加，目的是解决农民因病致贫、因病返贫的问题。
- 缴费方式 ：
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基本医疗保险 ：
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职工基本医疗保险 ：由用人单位和职工共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
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城镇居民基本医疗保险 ：由参保居民个人缴费，政府给予一定补助。
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农村合作医疗 ：由农民个人每年自愿缴费，缴费标准各地有所不同，通常低于100元，具体金额根据地区经济条件设定。
- 缴费构成主体 ：
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基本医疗保险 ：
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职工基本医疗保险 ：由职工工资和单位共同承担。
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城镇居民基本医疗保险 ：保费由参保人员个人和政府补助组成。
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农村合作医疗 ：保费由农民个人缴纳，政府给予一定支持，但不采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。
- 待遇和报销比例 ：
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基本医疗保险 ：
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职工基本医疗保险 ：报销比例和待遇较高，具体比例根据医疗机构级别和当地政策而定。
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城镇居民基本医疗保险 ：报销比例和待遇较新农合高，逐渐向职工医保靠拢。
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农村合作医疗 ：报销比例和待遇较低，具体补助标准和比例因地区而异，但普遍低于城镇职工基本医疗保险。
- 其他方面 ：
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覆盖项目 ：
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城镇职工基本医疗保险 ：包含医疗保险、养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
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新型农村合作医疗 ：只包含医疗保险。
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退休年龄 ：
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新型农村合作医疗 ：没有退休政策，需要终身缴费。
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城镇职工基本医疗保险 ：在达到退休年龄并满足当地医保退休年限要求后，可以终身享受免费医保待遇。
综上所述，基本医疗保险与农村合作医疗在覆盖对象、缴费方式、缴费构成主体、待遇和报销比例等方面存在明显差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险类型，以获得更好的医疗保障。