附件囊肿是否会自行消失，要根据囊肿的性质而具体决定。女性的附件包括卵巢和输卵管两部分，附件囊肿有可能是卵巢或者是输卵管囊肿。
如果是卵巢囊肿，也分为生理性囊肿和病理性囊肿，比如黄体囊肿是属于生理性的囊肿，大部分在月经干净后自行消失。
但是，如果是对于卵巢巧克力囊肿，是属于子宫内膜异位囊肿，是不会自己消失，可以持续存在，并且是继续增大，要根据情况行手术治疗或者是药物治疗。
对于输卵管的囊肿，比如发生在输卵管系膜的部位，大部分不会自然消失，另外输卵管积水属于输卵管炎症，这种情况也是需要积极治疗。
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