根据相关法律法规和搜索结果，入职三个月后离职但未缴纳医保的处理方式如下：

一、医保断缴3个月内的处理办法

1. 补缴可行性

   若离职后医保断缴时间在3个月内，可以自行补缴。需携带身份证原件到户籍所在地或居住证所在地的医保窗口办理灵活就业人员职工医疗保险参保手续。

2. 待遇影响

   • 补缴后，中断期间（含补缴当月）无法享受医保报销，但缴费年限累计计算。

   • 若断缴超过3个月，需重新参保，且中断期间医疗费用需自费。

二、注意事项

1. 缴费基数与待遇恢复时间

   • 补缴时需选择合适的缴费基数，部分地区对灵活就业人员有最低缴费标准要求。

   • 补缴后次月开始享受医保待遇，但住院等医疗费用需自费。

2. 特殊情况处理

   • 若因单位未缴导致断缴，可向社保机构申诉或通过劳动仲裁要求单位补缴。

   • 离职后未就业但未参保，可选择参加居民医保（费用较低）。

三、建议流程

1. 查询参保状态

   通过当地医保局官网或政务服务中心查询医保账户状态，确认是否因欠费暂停。

2. 准备材料

   携带身份证原件到指定机构办理参保登记，部分城市需提供户口本（非本地户籍）。

3. 缴费与待遇恢复

   完成缴费后，次月开始享受医保报销，但中断期间医疗费用需自费。

四、法律依据

根据《社会保险法》和各地医保政策，社保缴费与待遇享受有明确规定：

• 连续中断缴费1个月或累计3个月的，停止享受医保待遇；

• 累计中断6个月的，需重新参保满1年后才能恢复统筹基金支付待遇。

离职后3个月内补缴医保是可行的，但需注意缴费基数选择和待遇恢复时间。若超过3个月未缴，则需重新参保。