杭州少儿医保和新农合各有优势，选择需结合家庭户籍、经济条件和医疗需求：少儿医保报销比例更高（80%以上）、财政补贴力度大（个人年缴350元，政府补贴1400元），适合城镇户籍或长期在杭生活的少儿；新农合则更适合农村户籍家庭，虽报销比例较低（10%-80%），但覆盖基础大病保障。

1. 报销比例与保障范围
   少儿医保门诊和住院报销比例普遍超过80%，且覆盖范围广，包含常规门诊、住院及部分特殊病种；新农合报销比例因医院等级差异较大（10%-80%），侧重大病统筹，基础门诊保障较弱。

2. 缴费标准与财政补贴
   少儿医保个人年缴350元，政府补贴高达1400元，经济负担轻；新农合个人缴费较低（约200-400元/年），但财政补贴较少，需家庭全额承担。

3. 适用人群与户籍限制
   少儿医保主要面向杭州市户籍或持居住证的少儿，城镇户籍优先；新农合仅限农村户籍家庭参保，异地报销手续较复杂。

4. 便利性与连续性
   少儿医保与杭州医疗系统衔接紧密，结算便捷；新农合在跨省就医时需提前备案，报销流程相对繁琐。

总结：城镇家庭优先选少儿医保，保障更全面；农村户籍且常住地的少儿可保留新农合，但建议补充商业保险弥补报销缺口。实际选择时需综合户籍、预算及医疗需求。