医保系统维护期间自费医疗费用的报销流程如下：

一、系统维护期间的处理方式

1. 本地住院患者

   若在医保系统维护期间办理入院登记，需由医疗机构手工办理入院手续，待系统恢复后补录结算。

2. 异地住院患者

   • 补办联网结算 ：系统恢复后补办异地联网结算手续；

   • 手工报销 ：先全额自费结算，待系统恢复后携带收费凭证、费用清单、出院记录等材料到参保地医保经办大厅办理手工报销。

二、报销流程（系统恢复后）

1. 准备材料

   • 身份证或社会保障卡原件；

   • 医疗费用发票、费用清单、住院证（出院时提供）；

   • 疾病诊断证明书（由三级或二级医院开具）。

2. 提交申请

   携带上述材料前往当地医保经办机构提交报销申请，部分地区支持线上提交。

3. 审核与结算

   • 医保部门对材料进行审核，确认符合医保政策；

   • 审核通过后，医保资金将按比例支付，剩余部分由患者自付。

三、注意事项

1. 自费部分的界定

   • 门诊慢特病、住院等特殊病种有单独的报销比例（如门诊60%、手术50%等）；

   • 药品费用需符合医保目录，甲类药品全额报销，乙类药品按比例报销。

2. 时间限制

   • 自费费用需在医保部门规定的时间内提交申请，一般为费用发生后的几个月内。

3. 特殊情况处理

   • 若因系统故障导致医疗费用无法及时报销，可联系医保部门咨询当地临时解决方案。

四、补充说明

医保系统维护属于偶发情况，医保部门通常会尽快恢复服务。若对报销流程有疑问，建议提前电话咨询当地医保经办机构，避免遗漏材料或跑空。