小肠细菌过度生长并非单一特定疾病，而是因小肠内菌群数量或种类改变到一定程度引发系列临床表现的综合征。多种因素可致其发生，常见症状与多种疾病相关联。
消化系统疾病方面：肠道动力障碍、胃肠运动失调、消化酶分泌不足、胆汁流量不足等消化系统异常，会致使小肠内食物滞留，为细菌生长创造条件。像肠梗阻、小肠憩室、手术造成的小肠解剖结构异常，可引发细菌淤滞和繁殖。肠道黏膜上皮细胞产生的黏液、分泌型 IgA 和潘氏细胞产生的抗菌肽和溶菌酶，本可抑制致病菌入侵，而小肠免疫功能受损时，就容易发生小肠细菌过度生长。胃部病变、长期用质子泵抑制剂或胃旁路手术，会使胃酸产生减少，杀灭细菌能力变弱，也会导致这种情况。
全身性疾病方面：免疫系统处于免疫抑制状态，或者长期服用免疫抑制剂，会削弱身体对细菌的控制能力，致使小肠内细菌大量繁殖。比如艾滋病患者、接受免疫抑制剂治疗者，免疫功能受抑制，细菌更易在小肠内大量生长。糖尿病性胃轻瘫、硬皮病等疾病引发胃肠动力不足，食物在小肠内停留时间过长，细菌便会过度生长。
不良生活习惯方面：过多摄入高脂、高糖、高蛋白食物，会让小肠内细菌获得充足营养，加速繁殖。长期使用抗生素，会破坏肠道内正常菌群平衡，使对抗生素敏感的有益菌减少，耐药菌趁机大量繁殖，引发小肠细菌过度生长。经常摄入高糖食物、饮酒等，也可能导致小肠细菌过度生长。
小肠细菌过度生长会引发诸多健康问题，如细菌在小肠内过度繁殖产生大量气体，导致腹痛和腹胀；产生的毒素和代谢产物刺激肠道黏膜，引起腹泻；干扰食物消化吸收，造成营养不良，还可能引发肠道炎症等。若怀疑有小肠细菌过度生长的情况，应及时就医检查，明确病因后进行针对性治疗。
