关于合作医疗重复缴费的处理方式，根据具体情况和地区政策，可参考以下步骤和建议：

一、确认重复缴费

1. 查询缴费记录 ：通过当地医保部门官网、微信公众号或线下窗口查询个人缴费记录，确认是否存在重复缴费。

2. 核对缴费时间 ：注意缴费时间间隔，部分地区规定连续缴费满一定年限（如1年）可避免重复缴费，中间中断可补缴。

二、申请退费

1. 联系医保部门 ：向当地医保中心或农村合作医疗管理机构提交退费申请，需提供身份证明、缴费凭证（如银行流水、电子账单）及重复缴费证明。

2. 提交材料 ：填写退费申请表并附上相关证据材料，可通过线下窗口或线上渠道提交。

3. 审核与处理 ：医保部门审核通过后，将办理退费手续，退费一般需15个工作日。

三、保留一份并终止另一份

1. 评估需求 ：若同时参加了新农合和社保，需根据保障范围、报销需求及未来规划选择保留其中一份。

2. 提交申请 ：向医保中心提交书面申请，说明终止另一份保险的原因，并提供相关证明材料。

3. 办理终止 ：审核通过后，终止重复的保险计划，已缴费用将退还至原支付账户。

四、特殊情况处理

• 系统或操作错误 ：因系统故障或操作失误导致的重复缴费，可通过医保部门渠道申请退费。

• 长期未处理 ：若超过规定时间未处理，可能影响医保待遇，建议优先通过医保渠道解决。

五、注意事项

1. 保留缴费凭证 ：退费过程中需提供缴费凭证，建议保留好所有缴费记录。

2. 避免影响待遇 ：及时处理重复缴费，避免因账户异常影响后续医保报销。

3. 政策差异 ：不同地区具体操作可能略有差异，建议提前咨询当地医保部门。

若通过上述方式仍无法解决，可拨打12366社保热线或寻求法律援助。