新农村改造的管理涉及多个部门协同合作，具体管理主体需根据项目类型和层级进行区分：

一、主要管理部门

1. 新农村建设工作领导小组办公室（新村办）

   通常由农业农村厅（原农工部）和发改委、住建局等相关部门组成，负责统筹协调新农村建设的规划、资金、技术等各项工作。

2. 县级人民政府相关部门

   包括国土部门（原国土资源局）、住建局、农业局、环保局、卫生局、教育局等，分别负责土地管理、房屋建设、农业支持、环境监管、卫生保障、教育资源调配等具体任务。

二、具体项目的分管部门

1. 危房改造

   由当地政府设立的临时性机构（如危房改造工作领导小组或办公室）组织实施，通常隶属于住建局或新村办。

2. 农田改造

   由国土资源管理部门负责土地规划、审批及项目实施。

3. 环境与卫生

   环保局负责环境评估与监管，卫生局保障卫生条件达标。

三、工作流程与协调机制

• 项目立项与规划 ：由新村办统筹协调，相关部门参与规划编制（如住建局、农业局）。

• 资金与施工管理 ：发改委负责资金拨付，住建局或规划部门监督施工质量。

• 验收与评估 ：最终由县级政府组织多部门联合验收，包括基础设施、人居环境等指标。

四、法律依据与层级管理

• 中央层面 ：中央农村工作会议提出“物的新农村”和“人的新农村”建设目标，指导地方实施。

• 地方执行 ：具体项目由省、市、县三级政府分级负责，形成协同机制。

新农村改造并非单一部门管理，而是多部门联合、分级负责的工作体系，需根据具体项目类型和行政层级确定主责部门。