医保停缴后是否可以继续缴纳农村合作医疗，需根据具体情况判断，具体说明如下：

一、是否可以继续缴纳

1. 政策允许性

   根据我国现行法律规定，职工医保与新型农村合作医疗（新农合）属于两种不同的医疗保障制度，参保人员可根据自身需求选择其中一种。若职工医保停缴，个人完全有权利选择继续缴纳新农合以保障医疗保障。

2. 缴费时间要求

   新农合通常为每年10月至12月集中缴费，缴费后次年1月1日正式生效。若中断缴费，次年将无法享受医疗保障，需及时补缴。

二、缴费方式与注意事项

1. 缴费渠道

   可通过当地医保服务中心、社保App或银行渠道办理续缴。

2. 政府补贴

   部分地区（如某县）存在“高转低”政策，即职工医保缴费标准高于新农合时，需补缴差价（如某村民补缴2024年需1020元）。具体补贴金额因地区而异，需关注当地医保部门通知。

3. 待遇享受时间

   补缴后需等待30天才能享受医疗费用报销待遇。

三、特殊情况说明

• 灵活就业人员 ：若为灵活就业人员，停缴社保后可单独缴纳新农合，但需承担全部缴费责任。

• 职工医保转新农合 ：属于“高转低”类型，补缴后次月生效，但缴费年限连续计算。

四、法律依据

《中华人民共和国社会保险法》规定，新型农村合作医疗制度由国务院规定，保障农村居民基本医疗保障权益。

医保停缴后是否缴纳新农合需结合个人参保类型、缴费时间及地区政策综合判断，建议通过当地医保部门获取最新政策信息。