医保卡没用但余额变少了，可能的原因有以下几种：

1. 缴费时间问题 ：医保每月缴费后，资金是次月才进入个人医保账户余额的。如果查询时恰逢缴费后的首月，可能会发现余额没有增加。

2. 缴费频率问题 ：有些医保卡的钱是一年进一次，而不是每个月都进。如果在非进账时间查询，可能会发现余额没有变化。

3. 医保类型变更 ：只有参与综合医疗保险才有医保卡余额，参与住院或合作医疗是没有账户余额的。如果医保类型发生变更，也可能导致余额减少或没有余额。

4. 自动扣费 ：医保卡可能与某些银行账户绑定，当达到一定金额时，会自动从银行账户中扣款。如果银行账户余额不足，可能会导致医保卡余额减少。

5. 报销费用 ：在某些情况下，医保卡可以用于支付医疗费用。如果医疗费用较高，报销部分可能会直接从医保卡余额中扣除。

6. 账户管理费用 ：医保卡账户可能会收取一定的管理费用，例如年费、手续费等。这些费用可能会导致医保卡余额减少。

7. 账户合并 ：如果有多张医保卡，可能会将多张卡的余额合并到一个账户中。在合并过程中，如果有多余的余额，可能会被扣除。

8. 年度调整 ：参保职工医疗保险个人账户计入金额每年都要按照缴费补差的方法进行调整，多退少补，所以会出现少钱或者是多钱的情况。

9. 未使用的医疗费用 ：即使未主动使用，有些地区也可能存在自动扣除医保费用的情况，如大病保险等。

10. 其他未知费用 ：如果以上原因都不符合，建议到当地医保经办部门查询，打印医保个人账户的增减明细，以便查明具体原因。

医保卡没用但余额变少了可能是由于多种原因导致的。建议首先确认自己的缴费情况和医保类型，然后检查是否存在自动扣费或其他异常情况，最后及时联系当地医保部门进行详细查询和处理。