农村合作医疗（新农合）与社保（职工基本医疗保险）的报销比例存在显著差异，具体如下：

一、农村合作医疗报销比例

1. 门诊报销比例

   • 村卫生室/村中心卫生室：60%

   • 乡镇卫生院：40%

   • 县级定点医院：25%

   • 二级医院：55%

   • 三级医院：45%

2. 住院报销比例

   • 乡镇卫生院：60%（起付线200元）

   • 县级医院：70%（起付线500元）

   • 二级医院：55%（起付线1000元）

   • 三级医院：50%（起付线1000元）

3. 大病补偿比例

   • 起付线5001-10000元：65%

   • 起付线10001-18000元：70%

   • 特殊病种（如癌症、尿毒症）：更高比例

二、社保（职工基本医疗保险）报销比例

1. 门诊报销比例

   • 职工医保：50%-70%（具体比例因地区和医疗机构等级不同）

2. 住院报销比例

   • 三级医院：60%-80%（具体比例因地区和医保类型不同）

3. 其他特点

   • 社保覆盖职工及灵活就业人员，缴费基数与工资挂钩；

   • 医疗保障范围更广，包括门诊、住院、重大疾病等

三、主要区别

1. 覆盖范围

   • 新农合主要覆盖农村居民，社保覆盖城镇职工及灵活就业人员。

2. 缴费标准

   • 新农合缴费金额较低（每年约200元），社保缴费基数与工资相关。

3. 待遇水平

   • 新农合报销比例普遍低于社保，且无养老金等长期保障。

四、建议

• 新农合适合经济条件一般的农村居民，建议通过医保门诊累计补偿额度（如每年100元）和住院报销降低医疗负担。

• 社保适合城镇职工，建议结合商业补充保险提高保障水平。

以上数据综合了2025年最新政策及历年标准，具体比例可能因地区政策调整略有差异。