医保二次报销的办理部门根据参保类型和地区政策有所不同，具体如下：

一、办理部门

1. 医院结算窗口

   多数地区支持在就诊医院的大病结算窗口办理二次报销，需携带医保卡、身份证、医疗费用清单、诊断证明等材料。部分城市（如北京）实现全国联网，出院时直接结算；非异地参保人员需提前办理异地就医备案。

2. 医保经办机构

   若医院无法办理，可前往当地社保局或医保经办机构的结算部门提交材料。

二、办理条件

• 参保类型 ：仅限参加城镇居民医保或新农合的居民。

• 费用范围 ：需符合医保目录内的药品、诊疗项目及急诊、抢救费用。

• 起付线 ：个人自付部分超过当地年人均可支配收入（起付金额）时方可申请。

三、所需材料

• 基础材料 ：身份证、社保卡、医疗费用发票、费用清单、出院病历等。

• 特殊材料 ：异地就医备案证明（非异地参保）、户籍原件（部分城市要求）等。

四、注意事项

1. 异地就医 ：非本地参保需提前备案，否则可能降低报销比例或无法报销。

2. 报销限额 ：部分城市二次报销不设封顶线，但具体比例因地区而异。

3. 时间要求 ：需在医疗费用发生后规定时间内（如出院后30日内）提交申请。

建议办理前咨询当地医保部门或医院确认具体流程及材料要求，避免遗漏。