2025年在上海治疗肩膀疼痛伴头痛的医院推荐如下：

1. 复旦大学附属华山医院
   华山医院在肩部疾病治疗方面具有显著优势，尤其是运动医学科擅长肩袖损伤的微创手术，同时其康复医学科在肩颈腰腿痛的治疗中也有丰富的经验。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院
   瑞金医院的疼痛科和骨科在肩袖损伤、关节置换术等方面有丰富经验，同时结合中西医结合疗法，对颈肩腰腿痛等疾病有独特疗效。

3. 上海市第六人民医院
   六院疼痛科提供非手术治疗方法，擅长慢性疼痛管理，包括肩部疼痛的治疗，且设备先进，技术力量雄厚。

4. 同济大学附属同济医院
   同济医院骨科在颈椎病和腰椎间盘突出症等疾病的治疗上具有高学术水平，同时对肩部疾病也有一定的治疗能力。

5. 上海中医药大学附属曙光医院
   曙光医院采用针灸疗法和现代康复手段治疗肩痛，结合中西医结合疗法，能够有效缓解症状并促进康复。

6. 上海市第九人民医院
   该医院在肩周炎等疾病的治疗上拥有微创技术和创新理念，受到患者好评。

7. 上海长征医院
   长征医院引进了国际先进的康复理念和技术，尤其适合因长期伏案工作导致的肩颈僵硬和酸痛。

8. 上海瑞椿医院
   如果头痛症状与三叉神经痛相关，瑞椿医院是上海治疗三叉神经痛的优选医院，其专业团队和个性化治疗方案值得考虑。

9. 上海冬雷脑科医院
   对于头痛伴随肩部疼痛的患者，尤其是中风后遗症引起的肩痛，冬雷脑科医院提供针对性治疗方案。

10. 上海禾新医院
    禾新医院提供中医推拿科服务，对于肩颈酸痛及头晕头痛问题有较好的疗效。

根据具体症状（如肩痛是否伴随颈椎或神经问题），可以选择上述医院进行治疗。建议患者在就诊前通过电话或线上平台预约挂号，并提前咨询医生的专业方向和擅长领域，以便获得更精准的治疗方案。