入职新公司后医保余额不会自动合并，具体情况如下：

一、医保账户类型差异

1. 个人账户

   若新公司所在城市支持医保个人账户余额转移（如江苏苏州），则原公司缴费的个人账户余额可转入新公司账户，实现合并计算。但需注意：

   • 部分城市（如湖南）仅支持转出个人账户余额，需线下办理退回；

   • 若存在重复缴费月份，重复部分不计入新账户余额。

2. 统筹账户

   统筹账户属于地区性账户，无法跨地区转移。新公司会重新开始计算缴费年限，原公司缴费年限不会累计。

二、缴费年限计算规则

• 可累计计算的情况

  参保期间连续缴费年限可累计计算，但中断缴费超过3个月将重新计算；

  若存在重复缴费月份，重复部分不计入总缴费年限。

• 不累计计算的情况

  统筹账户因地区政策不同存在差异，部分地区（如湖南）明确不累计缴费年限，仅保留本地缴费记录。

三、转移办理建议

1. 省内转移

   若新公司位于参保人户籍地或长期居住地，建议通过当地医保平台（如“江苏医保云”APP）办理转移手续，避免重复缴费。

2. 跨省转移

   需办理医保关系转移，但需注意退休待遇与缴费年限和当地政策相关，建议提前确认退休地。

3. 特殊情况处理

   若存在未参保月份，需补缴后方可享受转入地待遇；医疗费用需在3个月内参保缴费才能报销。

四、注意事项

• 以上规则以参保地最新政策为准，建议办理前咨询当地医保部门；

• 若单位未依法缴费，个人无法享受医保待遇，需通过劳动监察或社保举报渠道维权。

医保余额是否合并取决于地区政策和个人参保情况，需结合实际情况办理转移手续。