合作医疗对住院费用是否报销需根据参保类型和医院等级综合判断，具体规则如下：

一、报销范围

合作医疗仅报销符合医保目录的住院医疗费用，包括药费、检查费、手术费、治疗费、护理费等有效医药费用。以下费用不纳入报销范围：

1. 自行就医、自购药品、公费医疗规定不能报销的药品和诊疗项目

2. 门诊治疗费、出诊费、住院费、伙食费、陪客费、营养费、救护费、特别护理费等非医药类费用

3. 车祸、打架、自杀、酗酒、工伤事故和医疗事故的医疗费用

4. 矫形、整容、镶牙、假肢、脏器移植、点名手术费、会诊费等特殊项目

二、报销比例

报销比例根据就诊医院等级和医保类型（如新型农村合作医疗、城镇职工医保）有所不同，具体如下：

1. 新型农村合作医疗

   • 乡镇级（一级医院） ：住院报销60%，起付线200元

   • 县级（二级医院） ：住院报销70%，起付线500元

   • 市级（三级医院） ：住院报销55%，起付线700元

   • 省级（三级医院） ：住院报销50%，起付线1000元

2. 城镇职工医疗保险

   • 三级医院报销比例通常为50%，设有2000元起付线

   • 二级医院起付线300元，报销比例55%

三、报销流程

1. 费用垫付 ：住院期间费用由患者或家属垫付，出院时提供医疗发票、费用明细等材料

2. 审核结算 ：医保部门审核后按比例报销，个人自付20%-30%

3. 大额医疗费用 ：设年度最高支付限额，超过部分需自费

四、特殊情况处理

• 异地就医 ：需提前备案，按参保地报销比例执行

• 未参保情况 ：若未按时缴费，住院费用需自费

• 第三方责任 ：因车祸等第三方责任导致的医疗费用不报销

建议参保人员就医前咨询当地医保部门，确认具体报销政策和比例，以保障权益。