新生儿消化道重复症的早期症状因病变部位、类型、大小及与肠管是否相通等因素而有所不同，主要包括以下几方面：
- 消化道梗阻症状：
- 呕吐：较为常见，由于囊状或管状畸形压迫肠腔，导致食物通过障碍，可出现反复呕吐。比如胃及十二指肠的囊状畸形，在新生儿期可引起幽门或十二指肠梗阻，导致呕吐，部分患儿还可能呕血或便血。
- 腹胀：肠腔被压迫，肠内容物积聚，会出现腹胀症状。
- 腹痛：新生儿无法表述腹痛，常表现为不明原因的烦躁不安或哭闹。
- 便秘或大便性状改变：部分患儿可能出现便秘，或大便性状发生改变，如出现果酱样便等。
- 腹部肿块：新生儿腹壁薄，在安静时容易摸到腹部肿块。囊肿型重复症的肿块呈圆形或卵圆形，有囊性感，位于腹部者可有一定活动度，多不伴压痛；管状型重复症由于常开口于主消化道，一般不易摸到肿块。当肿块因感染、外伤、溃疡等导致出血或发炎时，会在短时间内迅速增大，且伴有明显触痛。
- 压迫症状：如果是位于胸腔内的消化道重复症，可因肿块压迫心、肺、食管等器官，引起一系列压迫症状。
- 呼吸系统症状：如气促、发绀、咳嗽、呼吸困难等，新生儿期可出现呼吸窘迫，若影响呼吸道分泌物排出，还可反复出现呼吸道感染。
- 消化系统症状：食管受压可出现吞咽困难、厌食、胸痛等症状，囊状畸形如有胃黏膜，还可引起溃疡，向食管或气管破溃时，会出现咯血或呕血。
