根据搜索结果，二甲医院合作医疗（新农合）的报销比例因地区政策和医疗类型不同有所差异，具体如下：

一、门诊报销比例

1. 普通门诊
   • 多数地区二甲医院门诊报销比例在 30%-60% 之间。例如：
     • 杭州城镇职工医保在二甲医院门诊报销比例为 60%（退休人员65%）；
     • 部分地区的普通门诊报销上限为每年 100元。
2. 特殊门诊（如慢性病、大病）
   • 陕西省规定，二甲医院门诊大病医疗费用起付线为2000元，超过部分按 25% 报销，年度限额1500元。
   • 部分地方对高血压、糖尿病等“两病”门诊用药报销比例为 60%。

二、住院报销比例

1. 一般住院
   • 多数地区二甲医院住院报销比例为 55%-80%。例如：
     • 陕西省合作医疗住院报销比例为 80%（需在二甲医院住院）；
     • 西安新农合在二级医院住院报销比例为 80%，起付线400元。
2. 大病住院
   • 大病医疗补偿比例通常在 70% 左右。例如：
     • 部分地区的住院大病费用超过5000元部分，按 65%-70% 分段补偿。

三、地域差异与注意事项

1. 地方政策差异
   • 不同城市可能调整报销比例。例如：
     • 杭州市职工医保与少儿医保的报销比例不同；
     • 陕西省对未经转诊的市外二甲医院住院报销比例降至 70%。
2. 报销限制
   • 需符合医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施；
   • 医疗美容、整容等非必要项目通常不纳入报销。

建议咨询当地医保部门或通过官方平台查询最新政策，以获取准确报销比例和操作流程（如转诊要求、材料提交等）。