神农架林区公安局内设以下机构：

1. 指挥情报中心：负责接处警、指挥处警、警务指挥协调、情报信息收集汇总研判、调查研究、起草重要文件以及通信、机要、保密等工作。
2. 国内安全保卫支队：掌握影响林区国内安全的动态，拟定对策，做好防范工作，组织、指挥、监督危害国内安全案件和事件的处置。
3. 刑事侦查支队：研究刑事犯罪动态、趋势和对策，组织指导打击刑事犯罪侦查工作，协调跨地区刑事案件侦破，负责刑事技术工作等。
4. 禁毒支队：掌握毒品违法犯罪活动动态，研究拟定预防、打击对策，负责毒品犯罪案件侦查，组织禁吸戒毒、禁种铲毒等工作。
5. 交通警察支队：指导并负责道路交通安全管理、安全宣传教育、交通指挥，维护交通秩序，处理交通事故，负责机动车辆和驾驶员管理等工作。
6. 治安管理支队：研究拟定治安管理对策和规定，指导监督查处危害社会秩序行为，依法管理枪支弹药、危险爆炸物品和公共场所、特种行业等。
7. 经济犯罪侦查支队：分析研究经济犯罪动态，拟定预防、打击对策，负责经济犯罪及涉税案件的侦查工作，组织、指导、协调跨地区重特大经济案件侦查。
8. 出入境管理支队：负责户政管理、人口统计，依法管理户籍、居民身份证，组织指导和监督外国人及港、澳、台居民出入境、居留、旅行等行政管理工作。
9. 网络安全保卫支队：指导并组织实施公共信息网络和国际互联网络的安全保卫工作，掌握信息网络违法犯罪动态，侦办网络犯罪案件。
10. 巡逻警察支队：负责预防、制止犯罪行为和处置突发事件，警戒紧急治安事件现场，疏导群众，维护秩序等。
11. 特警支队：主要承担特殊任务，如反恐、防暴、处置严重暴力犯罪等。
12. 内保支队：指导和监督林区内机关、团体、企事业单位的内部安全保卫工作。
13. 警卫科：负责组织实施对首长及重要外宾、重要会议的安全警卫工作。
14. 政治部：负责全局干部人事、机构编制、警衔管理、思想政治工作、队伍建设和教育培训等工作。
15. 法制支队：研究执法中的问题和对策，组织开展案件审核、执法检查等执法监管工作，负责行政复议、听证、行政诉讼等工作。
16. 警务保障室：负责警务保障工作，包括警用装备、被装配备的计划、采购、发放和管理，公安业务经费申报、管理和使用等。
17. 监察室：与纪委合署办公，负责公安机关的警务督察工作，民警违法违纪案件的预防和查处，依法进行公安内部审计等。
18. 警务督察支队：监督检查公安机关及人民警察依法履行职责、行使职权和遵守纪律情况。
19. 监管支队：挂林区看守所、林区行政拘留所牌子，负责对犯罪嫌疑人、被告人和被行政拘留人员的监管工作。
20. 森林警察支队：管辖森林刑事案件和森林治安案件，查处林业行政案件，保护森林及野生动植物资源，维护林区社会治安秩序。