医疗报销时扣除医保钱是正常的医保结算流程，主要有以下原因：

• 支付起付线费用：起付标准也称 “起付线”，是指参保人员在享受医疗费用报销之前需要自己先行支付的费用额度。这部分费用需要用医保个人账户资金支付，如果个人账户余额不足，则需要参保人用现金等其他方式补足。设立起付线的目的是为了防止参保人过度使用医疗资源，同时也可以减少医保基金的小额报销事务，提高医保基金的使用效率。
• 支付自付部分费用：医保报销是按照一定的政策和规定进行的，对于参保人员在定点医院发生的符合三大目录（基本医疗保险药品目录、诊疗项目和医疗服务设施的报销范围）的相关医疗费用，医疗保险基金按照规定给予支付。但在实际医疗费用中，可能存在一些超出目录范围的费用，或者是目录内需要参保人按一定比例自付的费用，如乙类药品的自付部分等，这些费用需要参保人用医保个人账户或现金等方式支付。
• 支付报销范围内但超出统筹基金支付限额的费用：最高支付限额也称 “封顶线”，是指基本医疗保险基金支付参保人员医疗费用的上限。超出最高支付限额以上的医疗费用，基本医疗保险基金不再支付，需要参保人自行承担，这部分费用可能会从医保个人账户中扣除，如果个人账户余额不足，则需参保人用其他方式支付。
• 偿还医保基金垫付费用：在一些情况下，如参保人异地就医或因特殊原因未能在就医时直接进行医保结算，需要先自行垫付医疗费用，然后再到医保部门进行报销。医保部门在审核通过后，会将应报销的费用支付给参保人，同时扣除参保人医保账户中相应的金额，以偿还医保基金之前垫付的费用。

此外，若存在医保报销政策调整、医院系统故障、医保卡故障或被冻结等特殊情况，也可能导致医疗报销时出现扣除医保钱的情况与预期不符，此时建议参保人及时向医院医保办或者当地医保部门咨询，了解具体原因并寻求解决方案。