关于灵活就业人员医保账户余额是否清零的问题，综合权威信息整理如下：

一、医保账户类型与结构

1. 职工医保

实行“统账结合”制度，分为单位缴费（纳入统筹基金）和个人缴费（存入个人账户）两部分。个人账户余额可跨年度累积，未用完金额不会清零。

2. 城乡居民医保

无个人账户设置，统筹基金与个人缴费均不累计，每年根据新政策调整报销额度，不存在余额清零现象。

二、断缴对医保待遇的影响

1. 待遇中断与恢复

• 断缴3个月内补缴 ：可恢复医保待遇，缴费年限连续计算，个人账户余额可继续使用。

• 断缴超过3个月 ：需重新计算缴费年限，且存在30-90天的等待期，恢复待遇后缴费年限可能重新计算。

2. 个人账户余额处理

• 断缴期间 ：个人账户余额可正常使用，用于支付医疗费用。

• 年底结算 ：职工医保个人账户余额不会因年度结束清零，历年累计结余会转入下一年度。

三、特殊情况说明

• 上海市政策 ：2024年医保局明确表示，参保人个人账户余额（含历年累计）不会清零，且资金可跨年度滚存。

• 其他地区差异 ：部分城市（如深圳）可能对连续缴费年限有更长要求（如25年），但个人账户余额清零政策与缴费年限清零无直接关联。

四、建议

建议灵活就业人员按时缴纳医保费用，避免因断缴影响医疗待遇。若短期内无法缴费，可咨询当地医保部门了解补缴流程及待遇恢复时间。