单位扣生育津贴的原因可能有以下几点：

1. 误解政策 ：一些单位对生育津贴的发放标准和程序不够了解，导致误以为员工已经享受了全额或部分生育津贴，从而要求员工支付剩余部分。

2. 费用分担 ：在一些企业中，员工的福利由企业承担一部分，个人承担一部分。如果员工的生育津贴超过了企业的负担范围，企业可能会要求员工自行承担剩余部分。

3. 财务管理 ：在一些单位中，财务部门对员工的津贴发放存在疏忽或误解，导致错误地扣除了员工的生育津贴。

4. 请假时间问题 ：单位可能认为员工的请假时间超过了规定的范围，或者员工在产假期间没有提交合适的材料，导致津贴的计算出现问题。

5. 缴费问题 ：单位存在缴费不正常问题，例如未逐月缴纳社保费用，导致生育津贴发放金额减少。

6. 违法行为 ：单位扣生育津贴属于违法行为。根据《女职工劳动保护特别规定》，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同，也不得扣押生育津贴。

建议

1. 了解政策 ：员工应了解生育津贴的发放标准和程序，确保自己的权益不受侵害。

2. 积极沟通 ：如果发现单位扣除了生育津贴，应首先与人事或上级沟通，了解原因并寻求解决方案。

3. 法律途径 ：如果沟通无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。

通过以上措施，员工可以有效维护自己的合法权益，确保生育津贴按时足额发放。