很多药店不能用医保卡的原因可能有以下几种：

1. 药店不是医保定点药店 ：使用医保卡购药的前提是必须在医保的定点药店使用，否则只能选择自费或更换药店。

2. 医保个人账户没有余额 ：除了在定点药店购药，还要注意自身医保账户的余额是否充足，职工医保个人账户中有无余额，这直接对消费行为造成影响。

3. 所购药品不在医保目录范围内 ：医保报销药品是有范围的，并非任何药品都可以通过医保卡购买。可以在当地医疗保障网站查询医保药品目录或向药店工作人员进行问询，以免带来不必要的麻烦。

4. 参保城乡居民医保不具有个人账户 ：职工医保分为统筹账户和个人账户，而城乡居民医保则没有个人账户，居民个人缴纳的基本医疗保险费全部纳入统筹账户。

5. 医保直接支付差价较大 ：医保直接支付的药品价格普遍低于零售价，一些药店可能因为利润考虑而不愿意接受医保卡支付。

6. 刷卡作业不支持信息化 ：当前药店的系统建设层次不够，医保刷卡作业较为复杂，且缺乏运营方对刷卡作业的支持，使药店刷卡作业体验不够友好。

7. 刷卡程序过于复杂繁琐 ：医保业务程序复杂多变，操作步骤繁琐，容易引起操作差错，也耗费了更多人力资源，影响药店吸引消费者的能力。

8. 药店不愿意刷医保卡 ：由于医保直接支付差价大、刷卡作业不支持信息化、刷卡程序复杂繁琐等原因，一些药店可能不愿意接受医保卡支付。

综上所述，药店不能使用医保卡的原因可能包括未与医保机构签订合作协议、未满足资质要求、药品价格超过医保支付限额、医保个人账户余额不足、所购药品不在医保目录范围内等多种因素。建议您在购药前先确认药店是否为医保定点药店，并了解所购药品是否在医保目录范围内，以确保能够顺利使用医保卡。