南通如东的医保卡在南京是可以使用的，但需根据就医类型和是否办理异地就医手续来区分结算方式：

一、异地就医备案后使用

1. 备案要求

需在南通如东的医保局办理异地就医备案手续，备案成功后方可使用。

2. 结算范围

• 住院费用 ：支持直接刷卡结算；

• 门诊费用 ：需办理门诊异地就医备案，部分城市（如南京）可能支持直接结算，但需提前确认。

3. 所需材料

医疗机构出具的转诊证明、就医登记表、发票、医疗本、社保卡、户口本等。

二、未备案的处理方式

• 直接就医 ：未备案时无法直接结算，需自费垫付医疗费用，回参保地报销；

• 跨省就医 ：若前往非南京的跨省城市，通常仅支持住院费用直接结算，门诊和药店费用需回参保地处理。

三、注意事项

1. 医保支付限额 ：异地就医报销有年度累计限额，超过部分需自费；

2. 个人账户使用 ：个人账户金额仅限参保地使用，不可跨地区使用；

3. 政策差异 ：具体报销比例和流程可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询两地医保部门。

四、建议操作步骤（以备案为例）

1. 线上备案 ：通过南通医保官网或APP提交备案申请；

2. 线下备案 ：携带身份证、社保卡到南通医保窗口办理备案手续；

3. 就医时使用 ：在南京指定医疗机构就医时出示电子医保卡或社保卡刷卡结算。

如需进一步确认，建议拨打两地医保热线（如南京12333、南通12333）咨询最新政策。