南通如东的医保卡在南京是可以使用的，但需根据就医类型和是否办理异地就医手续来区分结算方式：
一、异地就医备案后使用
- 备案要求
需在南通如东的医保局办理异地就医备案手续，备案成功后方可使用。
- 结算范围
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住院费用 ：支持直接刷卡结算；
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门诊费用 ：需办理门诊异地就医备案，部分城市（如南京）可能支持直接结算，但需提前确认。
- 所需材料
医疗机构出具的转诊证明、就医登记表、发票、医疗本、社保卡、户口本等。
二、未备案的处理方式
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直接就医 ：未备案时无法直接结算，需自费垫付医疗费用，回参保地报销；
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跨省就医 ：若前往非南京的跨省城市，通常仅支持住院费用直接结算，门诊和药店费用需回参保地处理。
三、注意事项
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医保支付限额 ：异地就医报销有年度累计限额，超过部分需自费；
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个人账户使用 ：个人账户金额仅限参保地使用，不可跨地区使用；
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政策差异 ：具体报销比例和流程可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询两地医保部门。
四、建议操作步骤（以备案为例）
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线上备案 ：通过南通医保官网或APP提交备案申请；
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线下备案 ：携带身份证、社保卡到南通医保窗口办理备案手续；
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就医时使用 ：在南京指定医疗机构就医时出示电子医保卡或社保卡刷卡结算。
如需进一步确认，建议拨打两地医保热线（如南京12333、南通12333）咨询最新政策。