新生儿医疗保险和合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 投保对象不同 ：
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新生儿医保是城镇居民医保，主要针对城镇户籍的居民，并且只能在户籍当地参保，由人社部门管理。
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农村合作医疗（新农合）的参保对象是农村户籍居民，由卫生部门管理。
- 报销比例和范围不同 ：
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新生儿医保的报销范围比农村合作医疗广，报销比例也要高一些。
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新农合的门诊待遇水平要高于城镇居民医保，但住院及门诊大病待遇通常低于新生儿医保。
- 管理部门不同 ：
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新生儿医保由人社部门管理。
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新农合多数地方由卫生部门管理。
- 保障待遇的侧重点不同 ：
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新生儿医保主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊。
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新农合主要保障农民和农村居民的医疗费用，覆盖面更广，包括门诊和住院。
- 购买条件和流程不同 ：
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新生儿医疗保险可以从宝宝出生后购买，一般没有年龄限制，需要提供一些相关材料。
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新农合的购买条件主要是与农村户籍或农村居住证挂钩。
- 资金来源和性质不同 ：
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新农合由国家及地方财政、个人来分担。
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新生儿医疗保险完全由投保人负担。
- 补偿水平和保障方式不同 ：
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新农合更具人性化，补偿水平根据各地物价指数不同而有所差异，且对特困户和五保户有优惠政策。
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新生儿医疗保险的给付水平主要考虑投保人缴费额的多少，体现货币支付的关系。
综上所述，新生儿医疗保险和合作医疗在投保对象、报销比例、管理部门、保障待遇、购买条件、资金来源和性质以及补偿水平和保障方式等方面存在明显差异。家长可以根据自身情况选择合适的保险类型，以确保新生儿能够获得适当的医疗保障。
