单位交医保和合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 覆盖对象不同 ：
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单位交医保 ：覆盖对象是用人单位及其在职职工，包括国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等。
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合作医疗 ：覆盖对象主要是农民，且必须以家庭为单位整户参加。
- 缴费主体不同 ：
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单位交医保 ：缴费主体是劳动者和用人单位，通过这两方面筹资来保障保险。
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合作医疗 ：缴费主体是农民个人、集体和政府，通过三方面筹资来保障保险。
- 缴费方式不同 ：
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单位交医保 ：具有强制性，用人单位必须为员工办理职工医保，且费用通常通过工资直接扣除。
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合作医疗 ：农民自愿参加，没有强制性，需要每年办理参保缴费手续。
- 报销比例和保险期限不同 ：
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单位交医保 ：参保者拥有个人账户，定期会有费用划入，报销比例较高，且累计交满一定年限（如25年）后可以享受终身医保待遇。
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合作医疗 ：参保者没有个人账户，报销比例相对较低，且保险期限仅为一年，断了就没有了。
- 管理和待遇标准不同 ：
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单位交医保 ：由用人单位和社会保险部门共同管理，待遇标准按照国家规定执行，覆盖范围广，包括基本医疗、住院、门诊等费用。
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合作医疗 ：由地方政府或农村合作医疗机构管理，覆盖范围相对较窄，主要以大病统筹为主。
综上所述，单位交医保和合作医疗在覆盖对象、缴费主体、缴费方式、报销比例和保险期限等方面都有明显的区别。建议根据自身情况选择合适的医疗保险制度，以获得更好的医疗保障。