农村合作医疗（简称新农合）和城乡居民医疗保险是两种不同的医疗保险制度，它们之间的主要区别包括：
- 参保对象 ：
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新农合 ：主要针对农村户籍居民。
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城乡居民医保 ：覆盖城镇户籍和农村户籍的居民。
- 管理部门 ：
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
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城乡居民医保 ：主要由人社部门管理。
- 缴费标准 ：
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新农合 ：缴费相对便宜，一年的缴费金额大概在两百元左右。
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城乡居民医保 ：缴费比新农合贵很多，最低缴费一年要千元以上。
- 报销比例 ：
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新农合 ：在乡镇医院报销比例较高，在市级医院平均报销比例比城镇医保低10%-20%，最高封顶也比城镇医保少。
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城乡居民医保 ：报销比例通常较高，具体比例根据不同等级的医院有所差异，一般可以达到50%左右，通过逐级转院的报销比例甚至可达70%。
- 医药目录 ：
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新农合 ：可报销的医药目录比城镇医保少。
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城乡居民医保 ：报销范围较广，药品目录更齐全。
- 保障待遇 ：
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新农合 ：主要保障农村居民看病就医产生的费用，包含门诊报销、住院补偿以及大病保险，但保障力度相对较低。
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城乡居民医保 ：更侧重于住院和门诊大病，同时保障普通门诊，待遇水平逐步提高到75%左右。
- 整合情况 ：
- 新农合 ：现已和城镇居民医疗保险合并，统称城乡居民医疗保险。
综上所述，新农合和城乡居民医保在参保对象、管理部门、缴费标准、报销比例、医药目录、保障待遇以及整合情况等方面存在明显差异。建议根据个人户籍和实际情况选择合适的医疗保险制度。