合作医疗和社会保障卡的区别主要体现在以下几个方面：
- 应用范围 ：
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合作医疗卡 ：应用范围较窄，仅限于医疗保障范畴，用于享受医保待遇。
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社保卡 ：应用领域广泛，涵盖人力资源和社会保障等多个方面，不仅可用于医保，还可用于领取失业金、养老金等。
- 使用范围 ：
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合作医疗卡 ：通常只能在特定区域内使用。
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社保卡 ：执行全国统一标准，全国通用。
- 安全等级 ：
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合作医疗卡 ：安全等级较低，容易被复制。
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社保卡 ：安全等级较高，采用全国统一的三层密钥管理体系。
- 概念 ：
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社会保障卡 ：简称社保卡，由各地人力资源和社会保障部门面向社会发行，用于人力资源和社会保障各项业务领域的集成电路卡。
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合作医疗卡 ：是医疗保险个人账户专用卡，以个人身份证为识别码，储存记载着个人身份证号码、姓名、性别以及账户金的拨付、消费情况等详细资料信息。
- 功能 ：
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社保卡 ：不仅具有医保卡功能，还是办理各项社保业务的重要凭证，例如领取失业金、养老金等。
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合作医疗卡 ：仅限于医保功能，只能用来享受医保待遇。
- 发卡机构 ：
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合作医疗卡 ：由当地指定代理银行承办。
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社保卡 ：由各地人力资源和社会保障部门面向社会发行。
- 缴纳费用 ：
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农村合作医疗 ：缴纳费用较低，一年几百元。
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社保 ：缴纳费用较高，一年几千甚至上万。
- 包含项目 ：
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农村合作医疗 ：只包含医疗保险。
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社保 ：包含医疗保险、养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
- 缴费方式 ：
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农村合作医疗 ：由参保人负担全部费用。
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社保 ：由职工和公司共同承担费用。
综上所述，合作医疗卡和社保卡在应用范围、使用范围、安全等级、概念、功能、发卡机构、缴纳费用、包含项目和缴费方式等方面存在显著差异。社保卡的功能更为全面，适用于更广泛的社会保障业务，而合作医疗卡则专注于医疗保障。