农村医保合作医疗的报销流程如下：

1. 门诊医疗费用报销 ：

• 定点医疗机构就诊 ：参保人在定点的乡镇卫生院、村卫生室、社区卫生服务中心等基层医疗机构就诊时，可以使用农村合作医疗报销部分门诊费用。一般可直接凭借医保卡或身份证进行挂号和结算，系统会自动计算报销金额，参保人只需支付个人自付部分。

• 门诊统筹报销 ：许多地区实行门诊统筹制度，设定一定的报销比例和年度报销限额。例如，有的地区门诊统筹报销比例为50%，年度报销限额为几百元不等。报销范围通常包括普通门诊诊查费、治疗费、药品费等符合基本医疗保险支付范围的费用。

2. 住院医疗费用报销 ：

• 办理住院手续 ：当参保人因病需要住院治疗时，在定点医院的住院收费处出示医保卡或身份证、农村合作医疗证等相关证件，办理住院登记手续。医院会核实参保人的身份信息和医保参保情况。

• 缴纳住院押金 ：根据医院的要求，参保人通常需要缴纳一定数额的住院押金。住院押金在出院结算时会根据实际医疗费用和报销情况多退少补。

• 住院治疗期间 ：在住院治疗过程中，医院会按照医保规定的诊疗项目和药品目录为参保人提供医疗服务。使用医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施，可享受医保报销。

• 出院结算 ：出院时，参保人到医院的出院结算窗口办理结算手续。医院会出具住院费用清单和结算单，系统会自动计算农村合作医疗可报销的金额。报销比例根据医院的等级和费用分段有所不同。

3. 报销资料准备与提交 ：

• 门诊报销 ：参保患者需保存好病历、诊断证明、费用清单、发票等，在规定时间内到当地医保经办机构或指定地点报销。具体报销比例和限额可能因地区而异，一般在村卫生室为60%左右，镇卫生院为40%左右。

• 住院报销 ：出院时，患者或其家属需携带本人身份证、医保卡、住院发票、出院记录、费用清单等材料，前往医院的医保结算窗口进行报销结算。工作人员会对提交的材料进行审核，计算可报销的金额，患者只需支付自付部分费用。

• 异地就医报销 ：如果需要在异地就医，需先进行异地就医备案。备案方式包括线上和线下两种，线上可以通过当地医保部门的官方网站、手机APP等渠道进行；线下则可以到参保地的医保经办机构办理。备案成功后，在异地定点医疗机构就医的费用，可按规定进行报销。

4. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

5. 意外伤害住院报销 ：

• 因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明及医院的病案记录。若无法提供有效证明及记录，则不予受理。经新农合调查、审核后，若属实则予以报销。若责任由第三方负责，则不予报销。

建议：

• 参保人应提前了解当地医保政策和报销流程，确保在就诊和住院时能够及时享受到医保报销。

• 保留好所有相关医疗费用的发票、清单、病历等证明材料，以便在报销时能够提供齐全的资料。

• 对于特殊病种和异地就医，应提前了解相关规定和备案流程，确保报销过程顺利。