云南昆明治疗慢性进行性眼外肌麻痹的医院中，昆明医科大学第一附属医院、云南省第一人民医院和昆明艾维眼科在设备、技术及专科经验方面较为突出。该疾病需结合神经内科与眼科的联合诊疗，以下为具体推荐：
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昆明医科大学第一附属医院眼科
作为省级重点学科，拥有先进的神经电生理检测设备和专业团队，擅长眼外肌麻痹的病因筛查及康复治疗，尤其对合并神经系统病变的病例经验丰富。 -
云南省第一人民医院
眼科与神经内科协作紧密，提供从药物干预到物理康复的综合方案，针对慢性病例开展个性化眼肌训练及神经营养治疗。 -
昆明艾维眼科
三级专科医院，配备眼眶病眼表专科，对眼外肌麻痹引发的复视、斜视等问题有精准矫正技术，手术与非手术疗法并重。 -
昆明市第三人民医院
侧重中西医结合治疗，通过针灸、理疗配合药物改善眼肌功能，适合病程较长的患者。
：慢性进行性眼外肌麻痹需长期管理，建议选择具备多学科会诊能力的医院，并定期复查调整方案。